El origen del Santuario de Nuestra Señora de Lourdes se basa en una persona, Bernadette Soubirous, y unos hechos, las Apariciones de la Virgen.
A mediados del siglo XIX, Lourdes era una pequeña población bañada por el río Gave con apenas 4.000 habitantes. A pesar de que se podían encontrar personas con importantes oficios (abogados, médicos o notarios), la población estaba formada fundamentalmente por ganaderos, agricultores, obreros, artesanos o  molineros. Los molinos eran ciertamente muy numerosos, ubicados dentro y fuera de la ciudad.

En uno de ellos, en el Molino de Boly, fue donde nació Marie Bernarde Soubirous (llamada Bernadette)  el  7 de enero de 1844. Durante 10 años, Bernadette, sus padres y sus hermanos (era la mayor de cuatro hermanos) residieron y trabajaron allí.
En 1854, la familia Soubirous se arruina hasta caer en la miseria, además de sufrir una serie de penurias y desgracias. El padre, Francisco, pierde un ojo en accidente de trabajo. Luego, será acusado de robar sacos de harina. Esto le costaría ocho días de cárcel. Más tarde, la región sufriría un largo periodo de sequías que perjudicaría muy severamente las producciones agrícolas. La falta continua de cosechas de trigo hace que los molinos se paren totalmente y el negocio finalmente acabe en la ruina, debiendo abandonar el molino.

Pero la mala fortuna no acabó ahí, ya que por aquella misma época, una epidemia de cólera asola la villa de Lourdes, causando varios muertos y centenares de afectados, entre ellos la niña Bernadette, que sufrirá las consecuencias del cólera primero y la tuberculosis más tarde. Por ello, la salud de Bernadette será muy frágil y endeble durante toda su vida.
Obligados a abandonar el molino, la familia Soubirous no tiene otro remedio que refugiarse en las dependencias de una antigua cárcel, un viejo y sucio cuarto de 16 metros cuadrados llamado “le cachot” (calabozo).

La joven tenía 14 años en 1858. No sabía leer ni escribir, y por eso no había hecho la primera comunión. A pesar de las penurias que ya le había tocado vivir, aun siendo tan joven, Bernadette seguía sufriendo mucho por sus padres y hermanos.
El 11 de febrero de ese mismo año, Bernadette, junto con su hermana Toinette y una amiga, fueron a buscar leña cerca de una gruta (llamada Massabielle) al lado del río. Mientras recogían la leña, Bernadette oyó un ruido similar al de una ráfaga de viento. Al levantar la cabeza, vio en la gruta donde se encontraba la forma de una joven rodeada de la luz que la miraba y le sonreía.
Esta fue la primera de las 18 apariciones que se sucederían a lo largo del año, exactamente hasta el 16 de julio, fecha de la última aparición.

Estos son los hechos que ocurrieron en Lourdes en el año 1858 y que dieron lugar al inicio de las primeras peregrinaciones. Enseguida se levantaría una capilla que con el paso del tiempo se convertiría en el actual santuario. La Gruta de las Apariciones y la Basílica de la Inmaculada Concepción constituyen el original Santuario de Lourdes. Posteriormente, se fueron añadiendo iglesias, edificios y otros lugares de culto hasta completar el recinto que hoy conocemos.